CRAN Package Check Results for Package kmeRtone

Last updated on 2026-06-25 05:51:00 CEST.

Flavor	Version	T_install	T_check	T_total	Status
r-devel-linux-x86_64-debian-clang	1.0	100.83	191.21	292.04	OK
r-devel-linux-x86_64-debian-gcc	1.0	67.31	126.21	193.52	ERROR
r-devel-linux-x86_64-fedora-clang	1.0	152.00	279.53	431.53	OK
r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc	1.0	167.00	268.43	435.43	OK
r-devel-windows-x86_64	1.0	112.00	441.00	553.00	ERROR
r-patched-linux-x86_64	1.0	88.14	159.27	247.41	ERROR
r-release-linux-x86_64	1.0	91.71	175.65	267.36	OK
r-release-macos-arm64	1.0	21.00	55.00	76.00	OK
r-release-macos-x86_64	1.0	60.00	160.00	220.00	OK
r-release-windows-x86_64	1.0	111.00	207.00	318.00	OK
r-oldrel-macos-arm64	1.0				OK
r-oldrel-macos-x86_64	1.0	54.00	172.00	226.00	OK
r-oldrel-windows-x86_64	1.0	137.00	259.00	396.00	OK

Additional issues

donttest

Check Details

Version: 1.0
Check: tests
Result: ERROR Running ‘testthat.R’ [6s/67s] Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed. Complete output: > # This file is part of the standard setup for testthat. > # It is recommended that you do not modify it. > # > # Where should you do additional test configuration? > # Learn more about the roles of various files in: > # * https://r-pkgs.org/tests.html > # * https://testthat.r-lib.org/reference/test_package.html#special-files > > library(testthat) > library(kmeRtone) > > testthat::test_check("kmeRtone") Attaching package: 'data.table' The following object is masked from 'package:base': %notin% ------------------------------------------------------------ Extraction of Case K-mers ------------------------------------------------------------ Extracting 2-mers from chr20............Saving _problems/test_score-40.R [ FAIL 1 | WARN 2 | SKIP 0 | PASS 0 ] ══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════ ── Error ('test_score.R:25:1'): (code run outside of `test_that()`) ──────────── Error in `download.file(file, tmpFile, method = method, mode = "wb", quiet = !showProgress)`: cannot open URL 'https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/' Backtrace: ▆ 1. └─kmeRtone::kmeRtone(...) at test_score.R:25:1 2. └─kmeRtone::SCORE(...) 3. └─kmeRtone::extractKmers(...) 4. └─future.apply::future_lapply(...) 5. └─future.apply:::future_xapply(...) 6. └─base::tryCatch(...) 7. └─base (local) tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 8. └─base (local) tryCatchOne(...) 9. └─value[[3L]](cond) 10. └─future.apply:::onError(e, futures = fs, debug = debug) [ FAIL 1 | WARN 2 | SKIP 0 | PASS 0 ] Error: ! Test failures. Execution halted Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-gcc

Version: 1.0
Check: tests
Result: ERROR the tests in 'tests/testthat.R' failed. # This file is part of the standard setup for testthat. # It is recommended that you do not modify it. # Where should you do additional test configuration? # Learn more about the roles of various files in: # * https://r-pkgs.org/tests.html # * https://testthat.r-lib.org/reference/test_package.html#special-files testthat::test_check("kmeRtone") object is masked from 'package:base': ---------------------------------------------- Extraction of Case K-mers ---------------------------------------------- % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total Spent Left Speed 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:01 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:02 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:03 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:04 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:05 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:06 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:07 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:08 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:09 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:10 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:11 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:12 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:13 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:14 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:15 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:16 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:17 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:18 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:19 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:20 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:21 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:22 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:23 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:24 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:25 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:26 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:27 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:28 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:29 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:30 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:31 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:32 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:33 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:34 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:35 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:36 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:37 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:38 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:39 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:40 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:41 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:42 --:--:-- 0 0 15892 0 0 370 0 14:38:58 0:00:42 14:38:16 3520 0 0 52728 0 0:06:10 0:00:43 0:05:27 504k 0 0 425k 0 0:00:44 0:00:44 --:--:-- 4358k % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total Spent Left Speed 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:01 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:02 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:03 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:04 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:05 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:06 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:07 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:08 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:09 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:10 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:11 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:12 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:13 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:14 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:15 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:16 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:17 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:18 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:19 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:20 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:21 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:22 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:23 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:24 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:25 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:26 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:27 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:28 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:29 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:30 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:31 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:32 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:33 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:34 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:35 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:36 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:37 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:38 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:39 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:40 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:41 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:42 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:43 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:44 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:45 --:--:-- 0 1 218k 0 0 4879 0 0:39:27 0:00:45 0:38:42 47424 0 0 181k 0 0:01:02 0:00:46 0:00:16 1809k 0 0 239k 0 0:00:47 0:00:47 --:--:-- 2923k % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total Spent Left Speed 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:01 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:02 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:03 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:04 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:05 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:06 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:07 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:08 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:09 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:10 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:11 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:12 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:13 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:14 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:15 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:16 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:17 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:18 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:19 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:20 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:21 --:--:-- 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:21 --:--:-- 0 (28) Failed to connect to hgdownload.soe.ucsc.edu port 443 after 21224 ms: Could not connect to server 2-mers from chr20............DONE! -- 1.56 mins 2-mers from chr21............DONE! -- 1.64 mins 2-mers from chr22............ chr20.fa.gz from UCSC... chr21.fa.gz from UCSC... chr22.fa.gz from UCSC... 1 | WARN 1 | SKIP 0 | PASS 0 ] Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════ Error ('test_score.R:25:1'): (code run outside of `test_that()`) ──────────── in `download.file(chr.url, chr.path, method = method)`: 'curl' call had nonzero exit status └─kmeRtone::kmeRtone(...) at test_score.R:25:1 └─kmeRtone::extractKmers(...) └─future.apply::future_lapply(...) └─future.apply:::future_xapply(...) └─base::tryCatch(...) └─base (local) tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) └─base (local) tryCatchOne(...) └─value[[3L]](cond) └─future.apply:::onError(e, futures = fs, debug = debug) 1 | WARN 1 | SKIP 0 | PASS 0 ] href="https://www.r-project.org/nosvn/R.check/r-devel-windows-x86_64/kmeRtone-00check.html">r-devel-windows-x86_64

Version: 1.0
Check: tests
Result: ERROR Running ‘testthat.R’ [8s/70s] Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed. Complete output: > # This file is part of the standard setup for testthat. > # It is recommended that you do not modify it. > # > # Where should you do additional test configuration? > # Learn more about the roles of various files in: > # * https://r-pkgs.org/tests.html > # * https://testthat.r-lib.org/reference/test_package.html#special-files > > library(testthat) > library(kmeRtone) > > testthat::test_check("kmeRtone") Attaching package: 'data.table' The following object is masked from 'package:base': %notin% ------------------------------------------------------------ Extraction of Case K-mers ------------------------------------------------------------ Extracting 2-mers from chr20............Saving _problems/test_score-40.R [ FAIL 1 | WARN 2 | SKIP 0 | PASS 0 ] ══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════ ── Error ('test_score.R:25:1'): (code run outside of `test_that()`) ──────────── Error in `download.file(file, tmpFile, method = method, mode = "wb", quiet = !showProgress)`: cannot open URL 'https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/' Backtrace: ▆ 1. └─kmeRtone::kmeRtone(...) at test_score.R:25:1 2. └─kmeRtone::SCORE(...) 3. └─kmeRtone::extractKmers(...) 4. └─future.apply::future_lapply(...) 5. └─future.apply:::future_xapply(...) 6. └─base::tryCatch(...) 7. └─base (local) tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 8. └─base (local) tryCatchOne(...) 9. └─value[[3L]](cond) 10. └─future.apply:::onError(e, futures = fs, debug = debug) [ FAIL 1 | WARN 2 | SKIP 0 | PASS 0 ] Error: ! Test failures. Execution halted Flavor: r-patched-linux-x86_64